-Síndrome de hipertensión intracraneal. Antes de realizar una PL se debe valorar si existe un aumento de la PIC ya que si se tiene y se extrae LCR por punción lumbar se crea un gradiente de presión céfalo–caudal, favoreciendo la aparición de herniación cerebral y provocando el enclavamiento.
-Inestabilidad hemodinámica. Una flexión excesiva del tronco y del cuello durante la PL puede producir hipoxia en el neonato y síntomas similares en pacientes con shock.
-Infección local.
-Coagulopatía, trombocitopenia.
-Lesión espinal.